Na základě vlastních výzkumů shromažďuje sbírky a příslušnou dokumentaci o stavu a vývoji osídlení, společnosti a lidské činnosti na území východních Čech od nejstarších dob po středověk, případně včetně novověku. Výsledky vlastních výzkumů odborně vyhodnocuje a základní informace a zprávy o provedených výzkumech podle platných zásad předkládá v stanovených termínech ArÚ či příslušným orgánům státní památkové péče. Shromážděné nálezy eviduje jako sbírkové předměty, dokumentuje je, spravuje a odborně zpracovává. Zajišťuje všestranné odborné a vědecké využití sbírek, včetně přípravy výstav a expozic v muzeu, případně jinde, provádí vzdělávací a osvětovou činnost, publikuje nejrůznějšími formami výsledky vlastních odborných výzkumů. Na základě povolení Ministerstva kultury ČR a se souhlasem Akademie věd ČR provádí archeologické výzkumy formou povrchových průzkumů a výzkumů, záchranných akcí a archeologických dohledů, případně systematických výzkumů, a to na území vymezeném dohodou s AV ČR.