Počátky muzea v Hradci Králové spadají do roku 1880, kdy bylo založeno městské muzeum. Poprvé byly sbírky otevřeny veřejnosti v únoru 1885 v kapli sv. Václava v domě čp. 33 na Žižkově náměstí. Roku 1939 vzniklo v Hradci Králové také přírodovědecké muzeum. Obě muzea byla sloučena r. 1946. Muzeum pak během 2. poloviny 20. století různě měnilo název, zřizovatele i teritoriální působnost, která po určitý čas zahrnovala celý východ Čech.
Dnes je Muzeum východních Čech v Hradci Králové příspěvkovou organizací zřizovanou Královéhradeckým krajem a má celokrajskou působnost. V řadě činností však hranice kraje i nadále překračuje. Patří do desítky největších muzeí v České republice. V archeologických, přírodovědeckých a historických sbírkových fondech muzeum spravuje na 3 miliony sbírkových předmětů, včetně těch, které jsou zařazeny do doprovodné dokumentace. Muzeum je již desítky let zapsanou vědecko-výzkumnou organizací a ve své činnosti spolupracuje s muzei a univerzitami po celé Evropě. Muzeum je Regionálním pracovištěm pro tradiční lidovou kulturu Královéhradeckého kraje, plní úkoly krajských konzervátorských a restaurátorských dílen, krajského digitalizačního centra pro muzea a galerie, Centra kreativního muzejnictví Královéhradeckého kraje, koordinuje v Královéhradeckém kraji legální formu detektorového archeologického průzkumu a plní ještě celou řadu úkolů pro celé území kraje či s přesahem mimo něj. Jako archeologická organizace také realizuje řadu záchranných výzkumů.
Stovka kmenových a kolem osmi desítek externích zaměstnanců pracuje v Hradci Králové v Historické budově na Eliščině nábřeží, kterou pro tehdejší městské muzeum navrhl Jan Kotěra, a zejména v Hlavním odborném pracovišti v aerálu Gayerových kasáren. Další zaměstnanci pracují ve Stěžerách. V celém Královéhradeckém kraji pak muzeum provozuje řadu depozitárních budov.
Vedle otevřených depozitářů v Gayerových kasárnách má muzeum aktuálně pouze jednu výstavní budovu (Historická budova v Eliščině nábřeží), kde provozuje dlouhodobou expozici o dějinách Hradce Králové a ročně cca 10 až 15 tematických výstav. Na rok 2026 je však plánováno otevření celé nové a rozsáhlé budovy historicko-přírodovědeckého muzea v areálu Gayerových kasáren. Muzeum také pořádá řadu kulturních a společenských akcí, vydává publikace i časopisy, organizuje odborné konference a semináře, realizuje řadu vzdělávacích programů pro školy, atp.
Muzeum východních Čech v Hradci Králové se snaží být moderním vyspělým muzeem evropského formátu, které se aktivně podílí na budování občanské demokracie v České republice.
Vedle dlouhodobých expozic muzeum pořádá ročně přibližně 10 až 15 tematických výstav a řadu dalších kulturních a společenských akcí, vydává periodické i neperiodické publikacea organizuje odborné konference a semináře.
Roku 1993 se opět stalo součástí muzea též Muzeum války 1866 v obci Chlum. Původní Válečné muzeum 1866 bylo založeno roku 1936 a mělo připomínat události prusko-rakouské války a také její rozhodující bitvu u Hradce Králové. Do r. 1956 bylo pobočkou hradeckého muzea. Pro nacistické okupanty a později pro komunistický režim nezapadala prusko-rakouská válka do jejich ideologického kontextu. Po roce 1948 bylo proto muzeum přejmenováno na Památník bitvy 1866 na Chlumu, jak začala být bitva u Hradce Králové označována ve snaze snížit její význam. Roku 2019 se muzeum vrátilo k důstojnému názvu Muzeum války 1866.
Historická část muzea byla otevřena v roce 1936. Nová přístavba byla vybudována v letech 2008–2010 a následně, v roce 2011 byla rovněž zrekonstruována stará muzejní budova, ve které je nyní projekční a přednáškový sál. Dne 31. 3. 2012 byla v muzeu pro veřejnost otevřena provizorní expozice prusko-rakouské války, již tehdy však doplněná o interaktivní a multimediální prvky a svým pojetím zohledňující všechny věkové a zájmové kategorie návštěvníků.
Od listopadu 2023 do června 2026 bude Muzeum války 1866 pro veřejnost uzavřeno, a to z důvodu přípravy zcela nové, moderní a technologicky rozsáhlé expozice.
Muzeum je také partnerem projektu Archeopark pravěku ve Všestarech. Projekt je realizován s cílem vybudovat komplexní areál archeoparku, který nabídne návštěvníkům jedinečnou expozici pravěku s názornými ukázkami dobových zvyků, řemesel a obyčejů. V rámci Archeoparku bude stávající „pravěká vesnice“ rozšířena na komplexní areál s novou budovou hlavní expozice pravěku, budovou venkovní expozice a ukázkami pravěkých staveb, jako je neolitický dům, eneolitický dům a expozice domácího zvířectva. Více informací o projektu...
