Oddělení ochrany sbírky kompletně zabezpečuje oblast ochrany sbírkových předmětů, provádí sanační konzervaci, restaurování a preparování sbírkových předmětů, preventivní konzervaci v rámci všech činností se sbírkou, participuje na investičních projektech, které se týkají práce se sbírkou (depozitáře, výstavní a expoziční prostory), zpracovává, aktualizuje a realizuje strategii ochrany sbírkových předmětů instituce, zajišťuje dohled nad dodržováním preventivní konzervace při všech činnostech se sbírkovými předměty (deponování, studiu, dokumentaci, zapůjčování atd.), ve všech těchto oblastech vystupuje jako odborný garant při spolupráci s archeologickým, historickým a přírodovědeckým oddělením, resp. s jednotlivými zaměstnanci.