Fond knihovny počal být budován v r. 1939 jako knihovna samostatného Přírodovědeckého muzea. V 60. letech 20. století zahájila knihovna poměrně rozsáhlou výměnu odborných periodických publikací (viz kapitolu Základní informace o fondu).
Do roku 1993 byl knihovní fond umístěn v původním sídle přírodovědeckého muzea v budově bývalé radnice ( čp.124 a 125) na dnešním Malém náměstí v Hradci Králové. Prostory knihovny byly klimaticky a později i kapacitně nevyhovující a limitovaly její využívaní. Přemístění do současných prostor v Gayerových kasárnách umožnilo zásadně změnit systém stavění fondu a následné katalogizace. Z původně průběžně stavěného fondu byla vytříděna a systematicky podle zemí a titulů seřazena periodika.
V roce 2004 byl realizován projekt spolufinancovaný MK ČR – Veřejné informační služby knihoven (VISK3): „Informační centrum Muzea východních Čech v Hradci Králové – přírodovědecká knihovna“. Od r. 2005 je fond přírodovědecké knihovny evidován (katalogizován) v knihovnickém systému Clavius a je zpřístupněn na webových stránkách Muzea východních Čech v Hradci Králové.